Theo những chức năng nhiệm vụ trên, Trung tâm y tế bao gồm:

• Bộ máy điều hành: gồm Ban Giám đốc của TT và các phòng ban chuyên môn nghiệp vụ, tổ chức và quản lý họat động của trung tâm như: Phòng tài chính - kế toán, tổ chức - lao động tiền lương, phòng kế hoạch tổng hợp.
• Phòng khám số 1: Chủ yếu phục vụ cho CBCNV người Nga, gồm khoa nội, ngoại, sản, nhi, TMH, RHM, phòng xét nghiệm, phòng chẩn đoán chức năng, phòng vật lý trị liệu.
• Phòng khám số 2, gồm 11 khoa phòng: Phòng khám chuyên khoa Nội, Ngoại, Lây-Da liễu, Mắt, Răng-Hàm-Mặt, Tai-Mũi-Họng, Sản-Phụ khoa, Nhi, Đông Y-Phục hồi chức năng; Khoa Chẩn đoán hình ảnh, Phòng xét nghiệm và Khoa thăm dò chức năng.
• Khoa y tế dự phòng.
• Khoa y tế biển: gồm 22 trạm Y tế tại các giàn khoan cố định, giàn khoan tự nâng và các tàu chứa dầu (FSO) trên biển
• Khoa Dược và vật tư y tế